华泰证券研报表示，基因测序正在开启全新时代：短期看商务部禁令将大幅加快国产替代进程，中期看AI大模型推动测序降本增效实现场景革命，长期看时空组学重构生命科学底层理论研究，几何级别扩容测序量。其中，区别于市场多数讨论AI进步、以及商务部禁令对于测序行业的影响，华泰证券认为时空组学才是长期看重要的应用突破。
全文如下
华泰 | 医药：基因测序正开启全新时代
三大核心因素推动基因测序开启新纪元
我们认为基因测序正在开启全新时代：短期看商务部禁令将大幅加快国产替代进程，中期看AI大模型推动测序降本增效实现场景革命，长期看时空组学重构生命科学底层理论研究，几何级别扩容测序量。其中，区别于市场多数讨论AI进步、以及商务部禁令对于测序行业的影响，我们认为时空组学才是长期看重要的应用突破。
核心观点
上游：基因测序技术持续迭代，国产测序仪打破垄断
基因测序技术历经四代革新，二代技术（NGS）凭借高通量、低成本优势占据市场主导，四代技术（纳米孔测序）与其形成互补。2023年全球基因测序仪及耗材市场规模已达50亿美元，全球龙头Illumina占据全球超70%份额。以华大智造为代表的国产厂商持续迭代升级，核心参数迎头赶上，打破进口垄断。DNBSEQ-T7以24小时≥7Tb通量、Q30≥85%精准度成为行业标杆，单例全基因组测序成本降至100美元。但华大智造仅占据全球5.2%市场份额（2022年），仍有较大可替代空间。
中游：生育健康应用承压，肿瘤防治快速放量
基因测序应用场景多样：1）生育健康：无创产前基因检测（NIPT）因新生儿数量下降、集采等因素而承压，收费降低、医保财政支持下NIPT渗透率提高从而对冲一定负面影响；2）肿瘤防治：基因测序覆盖全病程，弗若斯特沙利文预计24年我国市场规模109亿元（用药/早筛/监测65/30/14亿元），目前以用药指导为主，复发监测、早筛早诊占比将持续提升。中国肿瘤病人基因检测渗透率较低（21年10.6% vs美国36.1%），是行业主要增长动力。
短期驱动：Illumina禁令落地，国产替代黄金窗口开启
3月4日商务部禁止进口Illumina测序仪，我们认为这不仅将每年新增的仪器需求留给国产企业，而且也会明显推动存量Illumina设备替换。根据我们的测算，中性假设下25/26年国产测序市场替代空间将分别达到8.6/17.0亿元。技术达到世界领先水平的国产企业将获得其中大部分份额，基因测序开启国产替代黄金窗口期。
中期驱动：AI赋能降本增效，打开应用场景空间
根据Illumina，人类全基因组测序成本中45%为生物信息学分析，AI技术突破加速降本增效。1）效率跃升：Illumina的DRAGEN算法将全基因组分析时间从24小时压缩至30分钟，华大基因GeneT模型使遗传病诊断效率提升近20倍；2）成本优化：DRAGEN算法使全基因组分析成本降低30%；3）场景延伸：AI助力肿瘤早筛、遗传病诊断等复杂场景落地，GeneT模型致病变异召回率达98%，推动基因检测从科研向基层医疗下沉。
长期驱动：时空组学重构生命科学研究范式，几何级扩容测序需求
时空组学技术通过“时间戳+空间定位”解析基因表达，在发育研究、疾病机理、衰老研究等方面具有划时代价值，是目前研究热点，22年超30%研究发表在CNS三大顶级期刊上。典型的时空组学研究数据量可达正常人类全基因组测序的400倍，可几何量级提高测序量。Stereo-seq时空组学技术分辨率高（500nm）、视场大（13cm*13cm）且支持全物种，技术评测各类指标总体处于全球领先地位，有望推动生命科学迎来“测序基建大时代”。
风险提示：商务部禁令撤销风险；地缘政治风险；生命科学投入不足风险。
