- 内部管理层倒戈：1996 年，申华实业不少高层管理者认为瞿建国存在独断专行问题，且其移民加拿大后，公司出现微妙状况，出于对公司稳定发展的考虑以及对瞿建国决策方式的反感，他们决定引入广州三新公司当大股东制衡瞿建国 。瞿建国则引入君安证券对抗，君安成为大股东后，瞿建国虽仍是董事长，但离开了管理一线 。

- 与大股东冲突 ：1998 年，君安证券高层出事，瞿建国重新掌权，但之后他在收购江西科环集团持有的科环电子技术有限公司股权等事项上，和君安证券产生了分歧，最终引发君安投资以“侵权和非法投资”为由，将瞿建国告上法庭，这也成了中国资本市场首例大股东状告公司董事长的案例 。
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